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使用任何PCR酶均可，建議使用高保真PCR擴增酶

在保留原始In-Fusion PCR Cloning System的所有優點之外，In-Fusion HD Cloning System包含更為粗放型的In-Fusion酶，可以有效提高克隆效率，尤其是長片段、短寡核苷酸鏈和多片段克隆。另外，升級后In-Fusion酶不再需要稀釋處理即可方便地儲存在–20°C。EcoDry?凍干粉形式產品可以儲存在室溫條件下。

根據In-Fusion酶特殊的性質，插入片段和載體在同源序列 (15個堿基)處融合。這與一般的同源重組是有差異的，因此克隆不再有位置和空間的限制。